В результате филогенетического развития у человека внутренние органы представлены тремя трубками, отверстия которых сообщаются с внешней средой: 1) пищеварительной трубкой, расположенной вдоль всего тела и имеющей два отверстия: входное — ротовое и выходное — заднепроходное; 2) дыхательной трубкой с одним отверстием — носовым; 3) моче-половой трубкой, дифференцирующейся на две — мочевую и половую. Каждая из них имеет только выходные отверстия: у мужчин — наружное отверстие мочеиспускательного канала, у женщин — отверстия мочеиспускательного канала и влагалища. В процессе развития форма и строение внутренних органов усложняется, и при наименьшем их объеме поверхность обмена становится наибольшей.
Органы, развивающиеся из пищеварительной трубки, помещаются во всех полостях: головы, шеи, груди, живота и таза. Органы, возникшие из дыхательной трубки, начинаются на головном конце тела и располагаются в полостях головы, шеи и груди. Моче-половые органы лежат в полостях живота и таза. Для облегчения подвижности внутренних органов каждый из них снаружи окружен соединительнотканной, а некоторые и серозной оболочкой (висцеральной пластинкой). Полости тела человека, в которых находятся органы, изнутри также покрыты оболочками: полость шеи — оболочками соединительнотканного происхождения — фасциями, грудная и брюшная полости — серозными оболочками. Между париетальным и висцеральным листками фасций образуются клетчаточные пространства. Обе пластинки серозных оболочек — париетальная и висцеральная — формируют серозные полости, которые содержат небольшое количество серозной жидкости, увлажняющей поверхность серозной оболочки. Так как листки почти соприкасаются один с другим, серозная полость представляет собой узкую щель.
Все внутренние органы в зависимости от их устройства разделяются на две группы: трубчатые, или полые, и паренхиматозные, или железистые (железы). Трубчатые (полые) органы действительно напоминают по строению трубку, имеют образующую их стенку и внутри полость. Железистые органы состоят из паренхимы — скопления специфических клеток, стромы — соединительнотканной основы и выводных протоков. Часть паренхиматозных органов (железы внутренней секреции) может не иметь выводных протоков. В стенке трубчатых органов находятся мелкие железистые органы (железы). Поэтому указанное подразделение условно и многие внутренние органы следует рассматривать как преимущественно трубчатые или преимущественно железистые.
Общий план строения полых (трубчатых) органов сходен. Стенка каждого такого органа (включая выводные протоки желез), как правило, состоит из трех слоев или оболочек: внутреннего — слизистой оболочки с подслизистым слоем, среднего — мышечной оболочки и наружного — соединительнотканного. Во многих полых органах в составе наружного слоя имеется серозная оболочка. В каждом внутреннем органе содержатся кровеносные и лимфатические сосуды, осуществляющие транспорт питательных веществ и продуктов обмена, и нервный аппарат, обеспечивающий нервную регуляцию функции органа. Перечисленные образования располагаются в различных его слоях.