На 4й неделе развития на вентральной поверхности энтодермальной выстилки средней кишки возникает вырост — печеночный дивертикул в виде тяжей клеток, который внедряется между листками вентрального мезогастрия. На 5-й неделе энтодермальные клетки усиленно разрастаются. Из дистальных отделов дивертикула возникают секреторные участки печени (печеночные балки), а из проксимальных — система печеночных протоков. В месте слияния печеночных протоков в общий желчный образуется вырост эпителия, представляющий собой зачаток желчного пузыря и пузырного протока. У эмбриона 11 недель отчетливо видны паренхиматозная часть печени, печеночные протоки, пузырный проток и удлиненный мешковидный желчный пузырь.
На 4-й неделе развития из стенки будущей двенадцатиперстной кишки возникают два энтодермальных выроста: дорсальный и вентральный, растущих между листками дорсального мезогастрия. На 6-й неделе оба зачатка сближаются и срастаются. Из дорсального зачатка развивается большая часть поджелудочной железы, за исключением ее головки, которая является производным вентрального зачатка. Каждый из зачатков имеет свой выводной проток — из протока дорсального зачатка образуется главный панкреатический проток, а из протока вентрального зачатка — дополнительный.